久々に手動でyum updateしてみたら以下のようなエラーが出た。ネットで調べたらyumのミラーサイトに関するエラーのようだ。yum clean allしてからyum updateすれば大丈夫らしい。
Error: Missing Dependency: bind-libs = 30:9.3.4-10.P1.el5_3.1 is needed by package 30:bind-9.3.4-10.P1.el5_3.1.i386 (updates)

[root@server ~]# yum clean all
Loaded plugins: fastestmirror
Cleaning up Everything
Cleaning up list of fastest mirrors

[root@server ~]# yum update

カーネルも上がってるようなので、まずはバージョンチェック。

[root@server ~]# uname --kernel-release
2.6.18-128.2.1.el5.centos.plus

カーネルは再起動しないと反映されないので、再起動してみる。

[root@server ~]# shutdown -r now

再起動できたので、再度カーネルのバージョン確認

[root@server ~]# uname --kernel-release
2.6.18-128.4.1.el5.centos.plus　　←　新しくなっている。

Webサーバ（Apache）のドキュメントルートの所有者がrootに戻るので所有者変更が必要。
ドキュメントルート所有者変更確認

[root@server ~]# ll /var/www/
合計 36
drwxr-xr-x  2 root root   4096  7月 14 19:08 cgi-bin
drwxr-xr-x  3 root root   4096  7月 15 06:01 error
drwxr-xr-x 38 root root   4096  7月 14 19:08 html
drwxr-xr-x  3 root root   4096  7月 15 06:01 icons
drwxr-xr-x 10 root apache 4096  1月 23  2009 phpmyadmin

ドキュメントルートの所有者変更と確認

[root@server ~]# chown higo:higo /var/www/html/
[root@server ~]# ll /var/www/
合計 36
drwxr-xr-x  2 root root   4096  7月 14 19:08 cgi-bin
drwxr-xr-x  3 root root   4096  7月 15 06:01 error
drwxr-xr-x 38 higo higo   4096  7月 14 19:08 html
drwxr-xr-x  3 root root   4096  7月 15 06:01 icons
drwxr-xr-x 10 root apache 4096  1月 23  2009 phpmyadmin