以下の設定ではうまくアップデートが実行されませんでした。
結局cronでアップデートするようにしました。2006/12/10
FC6のyumのアップデートに関しては、デフォルトのままだと更新パッケージの有無を通知する機能しか使えないので、パッケージの自動更新を行う為に以下のようにyum-updatesdの定義ファイル「yum-updatesd.conf」を修正しました。

[root@linux ~]# vi /etc/yum/yum-updatesd.conf
[main]
# how often to check for new updates (in seconds)
run_interval = 3600　←　アップデートの有無を調べる間隔（秒）
# how often to allow checking on request (in seconds)
updaterefresh = 600　←　リクエストによるチェックを許可する間隔（秒）
# how to send notifications (valid: dbus, email, syslog)
emit_via = dbus
↓
emit_via = email　←　メールによる通知に変更
（dbusはpuplet経由、emailはメールによる通知、syslogはsyslogへ記録）
# automatically install updates
do_update = no
↓
do_update = yes　←　アップデートの自動インストールを行う場合は「yes」に変更
# automatically download updates
do_download = no
↓
do_download = yes　←　アップデートの自動ダウンロードを行う場合は「yes」に変更
# automatically download deps of updates
do_download_deps = no
↓
do_download_deps = yes　←　アップデートの依存性チェックを行う場合は「yes」に変更

修正が完了したら、yum-updatesedを再起動して設定を反映させます。

[root@linux ~]# /etc/rc.d/init.d/yum-updatesd restart
yum-updates を停止中:                                      [  OK  ]
yum-updatesd を起動中:                                     [  OK  ]